เรื่องนี้เกี่ยวพันถึงวัดพระธรรมกาย และพระธัมมชโย
ทั้งนี้เพราะการกระทำของพระธัมมชโยนั้นเป็นที่ชัดแจ้งว่าเป็นปาราชิก
ทั้งเรื่องการที่ไม่ยอมโอนคืนที่ดินให้เป็นของวัดทันทีที่มีปัญหา เพื่อแสดงความบริสุทธิ์ใจ
แต่กลับต่อสู้ในชั้นศาล นั่นแสดงว่ามีเจตนาในการยักยอกทรัพย์ของวัดเป็นของตน
แม้จะมีการโอนคืนที่ดินในภายหลัง แต่การกระทำผิดธรรมวินัยปาราชิกได้เกิดขึ้นแล้ว
แต่ทาง มส. ก็ไม่ได้มีการพิจารณาให้ปาราชิกเพื่อให้เป็นไปตามธรรมวินัย
แต่ก็ไม่กล้าที่จะมี มติว่า การกระทำดังกล่าว ไม่เป็นปาราชิก
ได้แต่ใช้ช่องว่างโดยไม่มีการนำเข้าพิจารณาใน มส.
เป็นเหตุให้ยังเป็นที่กังขาอยู่โดยทั่วไปว่า มส. สนับสนุนพระธัมมชโย และ วัดพระธรรมกายหรือไม่
และทำให้คิดไปอีกว่า หรือเป็นเพราะ มส.ตกอยู่ใต้อิทธิพลของวัดพระธรรมกาย หรือได้รับผลประโยชน์
พอมาถึงเรื่องแต่งตั้งพระสังฆราชที่ มส. มีมติให้สมเด็จช่วงฯ ดำรงตำแหน่งพระสังฆราช
จึงมีผู้ออกมาคัดค้านมากมาย เป็นเพราะ สมเด็จช่วงนั้นมีความสัมพันธ์กับทางวัดพระธรรมกายและธัมมชโยอย่างแนบแน่น
และยังมีข้อครหา เรื่องรถหรู(โบราณ) ซึ่งอยู่ระหว่างการตรวจสอบว่าผิดกฏหมายหรือไม่
แต่อีกเรื่องก็คือ การสะสมรถหรูโบราณ แม้จะบอกว่าเพื่อเป็นพิพิธภัณฑ์การศึกษา
ก็มีข้อกังขาว่าเหมาะกับสมณสงฆ์หรือไม่ ที่ควรจะเป็นอยู่อย่างสันโดษ สมถะ ไม่สะสม
สมควรที่จะดำรงตำแหน่งพระสังฆราชซึ่งเป็นประมุขสงฆ์ และเป็นที่ศรัทธาของพุทธศาสนิกชนหรือไม่
จะเห็นทั้งสองเรื่องว่าล้วนเกี่ยวก้องกับวัดพระธรรมกายและธัมมชโยด้วยกันทั้งสิ้น
นั่นจึงเป็นเหตุให้กังขาในมติของ มส. ว่ามีความน่าเคารพเชื่อถือน่าศรัทธาหรือไม่
เพราะอะไรพุทธศาสนิกชนส่วนหนึ่งไม่ศรัทธาใน มส.
ทั้งนี้เพราะการกระทำของพระธัมมชโยนั้นเป็นที่ชัดแจ้งว่าเป็นปาราชิก
ทั้งเรื่องการที่ไม่ยอมโอนคืนที่ดินให้เป็นของวัดทันทีที่มีปัญหา เพื่อแสดงความบริสุทธิ์ใจ
แต่กลับต่อสู้ในชั้นศาล นั่นแสดงว่ามีเจตนาในการยักยอกทรัพย์ของวัดเป็นของตน
แม้จะมีการโอนคืนที่ดินในภายหลัง แต่การกระทำผิดธรรมวินัยปาราชิกได้เกิดขึ้นแล้ว
แต่ทาง มส. ก็ไม่ได้มีการพิจารณาให้ปาราชิกเพื่อให้เป็นไปตามธรรมวินัย
แต่ก็ไม่กล้าที่จะมี มติว่า การกระทำดังกล่าว ไม่เป็นปาราชิก
ได้แต่ใช้ช่องว่างโดยไม่มีการนำเข้าพิจารณาใน มส.
เป็นเหตุให้ยังเป็นที่กังขาอยู่โดยทั่วไปว่า มส. สนับสนุนพระธัมมชโย และ วัดพระธรรมกายหรือไม่
และทำให้คิดไปอีกว่า หรือเป็นเพราะ มส.ตกอยู่ใต้อิทธิพลของวัดพระธรรมกาย หรือได้รับผลประโยชน์
พอมาถึงเรื่องแต่งตั้งพระสังฆราชที่ มส. มีมติให้สมเด็จช่วงฯ ดำรงตำแหน่งพระสังฆราช
จึงมีผู้ออกมาคัดค้านมากมาย เป็นเพราะ สมเด็จช่วงนั้นมีความสัมพันธ์กับทางวัดพระธรรมกายและธัมมชโยอย่างแนบแน่น
และยังมีข้อครหา เรื่องรถหรู(โบราณ) ซึ่งอยู่ระหว่างการตรวจสอบว่าผิดกฏหมายหรือไม่
แต่อีกเรื่องก็คือ การสะสมรถหรูโบราณ แม้จะบอกว่าเพื่อเป็นพิพิธภัณฑ์การศึกษา
ก็มีข้อกังขาว่าเหมาะกับสมณสงฆ์หรือไม่ ที่ควรจะเป็นอยู่อย่างสันโดษ สมถะ ไม่สะสม
สมควรที่จะดำรงตำแหน่งพระสังฆราชซึ่งเป็นประมุขสงฆ์ และเป็นที่ศรัทธาของพุทธศาสนิกชนหรือไม่
จะเห็นทั้งสองเรื่องว่าล้วนเกี่ยวก้องกับวัดพระธรรมกายและธัมมชโยด้วยกันทั้งสิ้น
นั่นจึงเป็นเหตุให้กังขาในมติของ มส. ว่ามีความน่าเคารพเชื่อถือน่าศรัทธาหรือไม่