หลวงพ่อจรัญท่านทราบด้วยญาณล่วงหน้าเป็นเวลาถึง 6 เดือน ว่าท่านจะต้องชดใช้กรรมนี้ ด้วยการถูกรถชนคอหัก ในวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2512 เวลา 12.45 นาที
เมื่อใกล้ถึงวันที่หลวงพ่อนิมิตเห็นว่าท่านต้องตายเพื่อชดใช้ให้กับนกที่ท่านเคยหักคอเมื่อตอนที่เป็นเด็ก
หลวงพ่อท่านจึงได้ลาญาติโยม มอบสิ่งของเงินทองให้แก่มัคนายก พร้อมกับแต่งตั้งเจ้าอาวาสองค์ใหม่ไว้ล่วงหน้า
เป็นการเตรียมมรณภาพอย่างหมดภาระหน้าที่อย่างแท้จริง
และพอถึงวันที่ 14 ตุลาคม หลวงพ่อจรัญก็ได้รับหนังสือเชิญประชุมเจ้าคณะอำเภอ ที่จังหวัดลพบุรี
ท่านจึงออกเดินทางไปร่วมประชุม แต่เมื่อรถที่หลวงพ่อจรัญเดินทางมาถึงบริเวณตลาดปากบาง ก็ได้เกิดอุบัติเหตุขึ้นจนหลวงพ่อได้รับบาดเจ็บสาหัส
หลวงพ่อจรัญท่านถูกรถชนอย่างแรง แรงกระแทกนั้นทำให้ร่างของท่านกระเด็นห่างจากที่เกิดเหตุออกไปถึง 40 เมตรเลยทีเดียว
หลวงพอกระเด็นไปนอนคอพับอยู่กับที่ ขยับไม่ได้ เลือดออกเต็มจมูก ส่วนหศรีษะของท่านก็หนังหลุดเพราะโดนกระจกรถถากออกไป
พอไปถึงโรงพยาบาลหมอก็สั่งให้ส่งตัวท่านไปเอ็กซเรย์โดยด่วย
แล้วก็นำตัวเข้าห้องไอซียู หลวงพ่อจรัญท่านได้ยินเพียงเสียงแว่วๆ ว่า ให้เย็บหนัง ล้างเลือด และแต่งตัวให้ท่านให้เรียบร้อย แล้วพาท่านกลับวัดได้เลย
ท่านไม่รอดแน่ๆ เพราะผลเอ็กซเรย์ทำให้เห็นว่า หลวงพ่อจรัญคอขาด แบบนี้ไม่รอดแน่นอน
ตอนนั้นหลวงพ่อจรัญท่านไม่ได้กลัวตาย เพราะท่านรู้ตัวก่อนล่วงหน้าแล้วถึงหกเดือน และท่านก็รู้ว่าความตายเป็นเรื่องที่ทุกคนต้องเจอ
หลวงพ่อจรัญท่านจึงได้อธิษฐานจิต ขอใช้หนี้กรรมให้หมดสิ้นในชาตินี้
ท่านพยายามยกมือขึ้นได้หนึ่งข้าง แล้วท่านก็กล่าวว่า
ข้าพเจ้าใช้หนี้มนุษย์หมดแล้ว ขอให้ข้าพเจ้าไปจากชาตินี้
ข้าพเจ้ารู้หนทางแล้ว ไม่ได้เสียใจอะไร เพราทำกรรมไว้
และถ้าหากข้าพเจ้าใช้หนี้มนุษย์ไม่หมด ขอท้าวเวสสุวรรณ ยมทูตแห่งท้าวเทวราช โปรดให้ข้าพเจ้ากลับมาใหม่ เพื่อจะได้ใช้หนี้มนุษย์ให้หมดสิ้นกันในชาตินี้เพียงชาติเดียว ชาติหน้าข้าพเจ้าจะไม่ขอเกิดอีกต่อไป
โลกมนุษย์นี้มีแต่โรคขี้เกียจ โรคอิจฉา โรคขี้โกง โรคอิจฉาริษยากัน ข้าพเจ้าจะไม่ขอมาเกิดอีก ถ้าเป็นไปได้ขอให้ข้าพเจ้าฟื้นคืนมาเดี๋ยวนี้
พอหลวงพ่อจรัญท่านอธิษฐานจบก็เกิดอุบัติเหตุขึ้นอีกครั้ง
บุรุษพยาบาลสองคนได้เข็ญเตียงที่หลวงพ่อนอนอยู่ไปชนเข้ากับประตูเหล็กเต็มแรงจนเกิดเสียงดังสนั่น
แล้วในขณะที่ทุกคนกำลังตกใจอยู่นั้นก็มีอีกเสียงดังขึ้นเบาๆ เป็นเสียงกระดูกคอของหลวงพ่อจรัญที่กระแทกกลับเข้าที่เดิม
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นแม้แต่หมอก็ยังไม่เชื่อ เมื่อหลวงพ่อจรัญท่านฟื้นแล้ว หมอก็ให้ท่านลองยกแขน ยกขา และพูดคุยด้วย
ทุกอย่างเป็นปกติ ไม่แม้แต่จะเป็นอัมพาตอย่างที่พวกหมอกลัว
แม้แต่นางพยาบาลยังมาแกล้งแหย่หลวงพ่อจรัญโดยให้ท่านลองถีบพวกเธอดู เพื่อพิสูจน์ว่าหลวงพ่อกลับมามีแรงเหมือนเดิมจริงหรือเปล่า
ซึ่งหลวงพ่อจรัญท่านก็ยืนยันว่าท่านไม่ได้เป็นอะไรแล้ว
และพอผันแผล เข้าเฝือกเสร็จ หลวงพ่อก็เดินทางกลับวัดอัมพวันในวันนั้นเลย ท่านไม่ได้นอนพักรักษาตัวที่โรงพยาบาลแม้แต่คืนเดียว
นับว่าเป็นเรื่องปาฎิหาริย์ที่สร้างควาประหลากใจให้กับทุกคนเป็นอย่างมาก
หลวงพ่อจรัญคอหัก บาปบุญคือสิ่งที่เราทำเอง
เมื่อใกล้ถึงวันที่หลวงพ่อนิมิตเห็นว่าท่านต้องตายเพื่อชดใช้ให้กับนกที่ท่านเคยหักคอเมื่อตอนที่เป็นเด็ก
หลวงพ่อท่านจึงได้ลาญาติโยม มอบสิ่งของเงินทองให้แก่มัคนายก พร้อมกับแต่งตั้งเจ้าอาวาสองค์ใหม่ไว้ล่วงหน้า
เป็นการเตรียมมรณภาพอย่างหมดภาระหน้าที่อย่างแท้จริง
และพอถึงวันที่ 14 ตุลาคม หลวงพ่อจรัญก็ได้รับหนังสือเชิญประชุมเจ้าคณะอำเภอ ที่จังหวัดลพบุรี
ท่านจึงออกเดินทางไปร่วมประชุม แต่เมื่อรถที่หลวงพ่อจรัญเดินทางมาถึงบริเวณตลาดปากบาง ก็ได้เกิดอุบัติเหตุขึ้นจนหลวงพ่อได้รับบาดเจ็บสาหัส
หลวงพ่อจรัญท่านถูกรถชนอย่างแรง แรงกระแทกนั้นทำให้ร่างของท่านกระเด็นห่างจากที่เกิดเหตุออกไปถึง 40 เมตรเลยทีเดียว
พอไปถึงโรงพยาบาลหมอก็สั่งให้ส่งตัวท่านไปเอ็กซเรย์โดยด่วย
แล้วก็นำตัวเข้าห้องไอซียู หลวงพ่อจรัญท่านได้ยินเพียงเสียงแว่วๆ ว่า ให้เย็บหนัง ล้างเลือด และแต่งตัวให้ท่านให้เรียบร้อย แล้วพาท่านกลับวัดได้เลย
ท่านไม่รอดแน่ๆ เพราะผลเอ็กซเรย์ทำให้เห็นว่า หลวงพ่อจรัญคอขาด แบบนี้ไม่รอดแน่นอน
ตอนนั้นหลวงพ่อจรัญท่านไม่ได้กลัวตาย เพราะท่านรู้ตัวก่อนล่วงหน้าแล้วถึงหกเดือน และท่านก็รู้ว่าความตายเป็นเรื่องที่ทุกคนต้องเจอ
หลวงพ่อจรัญท่านจึงได้อธิษฐานจิต ขอใช้หนี้กรรมให้หมดสิ้นในชาตินี้
ท่านพยายามยกมือขึ้นได้หนึ่งข้าง แล้วท่านก็กล่าวว่า
ข้าพเจ้าใช้หนี้มนุษย์หมดแล้ว ขอให้ข้าพเจ้าไปจากชาตินี้
ข้าพเจ้ารู้หนทางแล้ว ไม่ได้เสียใจอะไร เพราทำกรรมไว้
และถ้าหากข้าพเจ้าใช้หนี้มนุษย์ไม่หมด ขอท้าวเวสสุวรรณ ยมทูตแห่งท้าวเทวราช โปรดให้ข้าพเจ้ากลับมาใหม่ เพื่อจะได้ใช้หนี้มนุษย์ให้หมดสิ้นกันในชาตินี้เพียงชาติเดียว ชาติหน้าข้าพเจ้าจะไม่ขอเกิดอีกต่อไป
โลกมนุษย์นี้มีแต่โรคขี้เกียจ โรคอิจฉา โรคขี้โกง โรคอิจฉาริษยากัน ข้าพเจ้าจะไม่ขอมาเกิดอีก ถ้าเป็นไปได้ขอให้ข้าพเจ้าฟื้นคืนมาเดี๋ยวนี้
พอหลวงพ่อจรัญท่านอธิษฐานจบก็เกิดอุบัติเหตุขึ้นอีกครั้ง
บุรุษพยาบาลสองคนได้เข็ญเตียงที่หลวงพ่อนอนอยู่ไปชนเข้ากับประตูเหล็กเต็มแรงจนเกิดเสียงดังสนั่น
แล้วในขณะที่ทุกคนกำลังตกใจอยู่นั้นก็มีอีกเสียงดังขึ้นเบาๆ เป็นเสียงกระดูกคอของหลวงพ่อจรัญที่กระแทกกลับเข้าที่เดิม
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นแม้แต่หมอก็ยังไม่เชื่อ เมื่อหลวงพ่อจรัญท่านฟื้นแล้ว หมอก็ให้ท่านลองยกแขน ยกขา และพูดคุยด้วย
ทุกอย่างเป็นปกติ ไม่แม้แต่จะเป็นอัมพาตอย่างที่พวกหมอกลัว
แม้แต่นางพยาบาลยังมาแกล้งแหย่หลวงพ่อจรัญโดยให้ท่านลองถีบพวกเธอดู เพื่อพิสูจน์ว่าหลวงพ่อกลับมามีแรงเหมือนเดิมจริงหรือเปล่า
ซึ่งหลวงพ่อจรัญท่านก็ยืนยันว่าท่านไม่ได้เป็นอะไรแล้ว
และพอผันแผล เข้าเฝือกเสร็จ หลวงพ่อก็เดินทางกลับวัดอัมพวันในวันนั้นเลย ท่านไม่ได้นอนพักรักษาตัวที่โรงพยาบาลแม้แต่คืนเดียว
นับว่าเป็นเรื่องปาฎิหาริย์ที่สร้างควาประหลากใจให้กับทุกคนเป็นอย่างมาก