เป็นคำที่ใกล้เคียงกันมากครับ อาจจะใช้เรียกแทนกันบ่อยๆ

แต่โดยเชิงลึกแล้ว แบ่งได้จาก GUI ครับ ก็คือ

โปรแกรม คือ ชุดคำสั่งที่สร้างมาเพื่อให้ทำงานใดงานหนึ่ง(หรือหลายงาน) โดยที่งานนั้นๆไม่จำเป็นต้องติดต่อกับผู้ใช้เลยก็ได้ อย่างเช่น driver การ์ดจอ เราแค่ลงไว้ และไม่ต้องทำอะไรกับมันต่อ ถึงเวลามันก็ทำงานของมันเอง (อาจจะเป็น service หรืออะไรก็ตามที่เราไม่ต้องไปสุงสิงกับมัน)

แอพพลิเคชั่น เอาเข้าจริงๆมันก็คือโปรแกรม นั่นแหละครับ แต่มันมีส่วนที่ติดต่อกับผู้ใช้ด้วย มันถึงเรียกว่าประยุกต์มาให้ใช้งานกับผู้ใช้ตรงๆ ดังนั้นโปรแกรมบน smart phone ส่วนมากจึงถูกเรียกว่า mobile application คำว่า แอพพลิเคชั่น มีมานานแล้วครับ ก่อนยุค smart phone อีก แต่มักจะใช้เป็นศัพท์เฉพาะแทน การพัฒนาเว็บไซต์ เราไม่ได้เรียกว่า web program ครับ เราเรียกมันว่า web application ด้วยเหตุผลเดียวกันคือมันมีส่วนที่ต้องติดต่อผู้ใช้ (เว็บเล็กๆแค่โชว์ข้อความให้ผู้ใช้ดูก็ถือว่าเป็น แอพพลิเคชั่น แล้วครับ) แต่ในไทยมักจะเรียกว่า "เขียนเว็บๆ" ที่ถูกมันต้อง "เขียนเว็บแอพฯ" อย่างไรก็ดีมีเว็บไซต์อีกประเภทที่ทำงานให้บริการอยู่เบื้องหลัง เราเรียกมันว่า web service อันนี้ก็พอจะบอกว่ามันคือ "โปรแกรมบนเครือข่าย" ได้อยู่

ดังนั้นทุกๆ แอพพลิเคชั่น คือ โปรแกรมครับ แต่โปรแกรมไม่จำเป็นต้องเป็น แอพพลิเคชั่น ==> ถ้าเขียนแผนภาพเวนส์ออยเลอร์ก็ โปรแกรมวงใหญ่มีวงแอพพลิเคชั่นอยู่ด้านใน ดังนั้นโปรแกรมใหญ่กว่านะครับ

อย่างไรก็ดี ไม่ต้องซีเรียสกับมันมากครับ มันเป็นคำที่ใช้แทนกันได้ เพราะความหมายมันใกล้กันมากครับ