Lucia ไม่ได้กลับเฮลิคอปเตอร์มาด้วยหลังหน่วยคอนทร่าเราทำภารกิจ ซึ่งสถานะ lucia เราไม่พบการยืนยันถึงการเสียชีวิต คิดสงสัยว่าเธอทำอะไรอยู่ มีแผนการของหน่วยคอนทร่าอีกมั้ย


จากเริ่มต้นเหตุการณ์ห่าฝนดาวตก อุกกาบาตลึกลับที่เข้าใจว่าเป็นปรากฏการณ์ธรรมชาติแต่จริงๆเป็นพาหะนะนำสิ่งมีชีวิตนอกโลกลงมายังเกาะ galuga
ในเวลาต่อมา กลุ่ม red falcon เข้ายึดเกาะและใช้ที่แห่งนี้เป็นแหล่งทำอาวุธ หน่วยคอนทร่าตรวจพบแรงโน้มถ่วงรุนแรงผิดปกติจากเกาะนี้ เดินทางมาเพื่อยับยั้งแผนการ red falcon จนจบภารกิจ แต่ต้นตอทั้งหมดไม่ได้ถูกทำลายไปหมด ตอนเกมจบนั้น สงครามเอเลี่ยนยังไม่สิ้นสุด


Brad กลายเป็นมนุษย์หมาป่า คาดว่ามันจะกลายเป็นผู้ร้ายในเวลาต่อมาของซีรี่ส์เกมนี้