แม้นว่ามหายานจะมีทั้งพระวินัย พระสูตร และพระอภิธรรม แต่พระวินัยของมหายานนั้น นอกจากจะมี 250 ข้อแล้ว ยังไม่ได้เป็นหมวดหมู่แบบเถรวาท สังฆกรรมต่าง ๆ ของฝ่ายมหายานต้องใช้คัมภีร์วินัยของสรวาสติวาท ธรรมคุปตะ มหาสังฆิกะ และมหิศาสกะ
สิกขาบทในพระปาฏิโมกข์ 250 ข้อ ของฝ่ายมหายาน มีดังนี้ คือ
ปาราชิก 4
สังฆาทิเสส 13
อนิยต 2
นิสสัคคียปาจิตตีย์ 30
ปาจิตตีย์ 90
ปาฏิเทสนีย์ 4
เสขิยะ 100
อธิกรณสมถะ 7
สิกขาบทของมหายานได้เพิ่มวินัยของพระโพธิสัตว์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งที่กล่าวไว้ในพรหมชาลสูตร เรียก พรหมชาลโพธิสัตวศีล และ โยคะโพธิสัตวศีล ซึ่งอยู่ในคัมภีร์โยคาจารภูมิศาสตร์ปกรณ์พิเศษของนิกายวิชญาณวาทิน และมีข้อที่น่าสังเกตอีกอย่างคือ วินัยของโพธิสัตว์นั้นแม้จะต้องครุกาบัติ เป็นปาราชิกในโพธิสัตว์สิกขาบทก็สามารถ สมาทานใหม่ได้ ไม่เหมือนกับภิกขุปาฏิโมกข์ ซึ่งทำคืนอีกไม่ได้ ทั้งนี้เพราะถือว่าสิกขาบทของภิกขุอยู่ในขอบเขตจำกัด ของปัจจุบันชาติ ส่วนสิกขาบทของโพธิสัตว์นั้นไม่จำกัดชาติ
ดังนั้น กุลบุตรฝ่ายมหายานเมื่ออุปสัมปทากรรมแล้วก็จะต้องรับศีลโพธิสัตว์ ซึ่งส่วนใหญ่นิยมพรหมชาล โพธิสัตว์ศีลมากกว่า โยคะโพธิสัตวศีล และศีลพระโพธิสัตว์นี้ได้ห้ามภิกษุฉันเนื้อสัตว์ ของสดคาว และหัวหอม หัวกระเทียม เพราะสิ่งเหล่านี้ช่วย ส่งเสริมให้เกิดกำหนัดราคะกางกั้นจิตมิให้บรรลุสมาธิ และการกินเนื้อสัตว์นี้อาจกินถูกเนื้อบิดามารดาในชาติก่อนๆ ของตน ผู้รับศีลโพธิสัตว์จึงต้องถือมังสะวิรัติอย่างเคร่งครัด พระสงฆ์มหายานของจีนได้รับการยอมรับกันว่า ปฏิบัติในข้อนี้ได้เคร่งครัด กว่าพวกมหายานในประเทศอื่นๆ
ลัทธิมหายานมิได้มีภิกขุปาฏิโมกข์เป็นเอกเทศ คงปฏิบัติวินัยบัญญัติตามพระปาฏิโมกข์ของฝ่ายสาวกยาน แต่มีแปลกจากฝ่ายสาวกยานคือ โพธิสัตวสิกขา เพราะลัทธิมหายานสอนให้มุ่งพุทธิภูมิ บุคคลจึงต้องประพฤติโพธิจริยา มีศีลโพธิสัตวเป็นที่อาศัย วินัยโพธิสัตวนี้สาธารณทั่วไปแม้แก่ฆราวาสชนด้วย มีโพธิสัตวกุศลศีลสูตร 9 ผูก, พุทธ ปิฏกสูตร 4 ผูก, พรหมชาลสูตร (ต่างฉบับกับบาลี) 2 ผูก, โพธิสัตวศีลมูลสูตร 1 ผูก และอื่นๆ อีก พึงสังเกตว่าเรียกคัมภีร์เหล่านี้ว่า ?สูตร? มิได้จัดเป็นปิฎกหนึ่งต่างหาก อรรถกถาพระสูตรของคันถรจนาจารย์อินเดีย
พระวินัยปิฎกมหายาน
สิกขาบทในพระปาฏิโมกข์ 250 ข้อ ของฝ่ายมหายาน มีดังนี้ คือ
ปาราชิก 4
สังฆาทิเสส 13
อนิยต 2
นิสสัคคียปาจิตตีย์ 30
ปาจิตตีย์ 90
ปาฏิเทสนีย์ 4
เสขิยะ 100
อธิกรณสมถะ 7
สิกขาบทของมหายานได้เพิ่มวินัยของพระโพธิสัตว์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งที่กล่าวไว้ในพรหมชาลสูตร เรียก พรหมชาลโพธิสัตวศีล และ โยคะโพธิสัตวศีล ซึ่งอยู่ในคัมภีร์โยคาจารภูมิศาสตร์ปกรณ์พิเศษของนิกายวิชญาณวาทิน และมีข้อที่น่าสังเกตอีกอย่างคือ วินัยของโพธิสัตว์นั้นแม้จะต้องครุกาบัติ เป็นปาราชิกในโพธิสัตว์สิกขาบทก็สามารถ สมาทานใหม่ได้ ไม่เหมือนกับภิกขุปาฏิโมกข์ ซึ่งทำคืนอีกไม่ได้ ทั้งนี้เพราะถือว่าสิกขาบทของภิกขุอยู่ในขอบเขตจำกัด ของปัจจุบันชาติ ส่วนสิกขาบทของโพธิสัตว์นั้นไม่จำกัดชาติ
ดังนั้น กุลบุตรฝ่ายมหายานเมื่ออุปสัมปทากรรมแล้วก็จะต้องรับศีลโพธิสัตว์ ซึ่งส่วนใหญ่นิยมพรหมชาล โพธิสัตว์ศีลมากกว่า โยคะโพธิสัตวศีล และศีลพระโพธิสัตว์นี้ได้ห้ามภิกษุฉันเนื้อสัตว์ ของสดคาว และหัวหอม หัวกระเทียม เพราะสิ่งเหล่านี้ช่วย ส่งเสริมให้เกิดกำหนัดราคะกางกั้นจิตมิให้บรรลุสมาธิ และการกินเนื้อสัตว์นี้อาจกินถูกเนื้อบิดามารดาในชาติก่อนๆ ของตน ผู้รับศีลโพธิสัตว์จึงต้องถือมังสะวิรัติอย่างเคร่งครัด พระสงฆ์มหายานของจีนได้รับการยอมรับกันว่า ปฏิบัติในข้อนี้ได้เคร่งครัด กว่าพวกมหายานในประเทศอื่นๆ
ลัทธิมหายานมิได้มีภิกขุปาฏิโมกข์เป็นเอกเทศ คงปฏิบัติวินัยบัญญัติตามพระปาฏิโมกข์ของฝ่ายสาวกยาน แต่มีแปลกจากฝ่ายสาวกยานคือ โพธิสัตวสิกขา เพราะลัทธิมหายานสอนให้มุ่งพุทธิภูมิ บุคคลจึงต้องประพฤติโพธิจริยา มีศีลโพธิสัตวเป็นที่อาศัย วินัยโพธิสัตวนี้สาธารณทั่วไปแม้แก่ฆราวาสชนด้วย มีโพธิสัตวกุศลศีลสูตร 9 ผูก, พุทธ ปิฏกสูตร 4 ผูก, พรหมชาลสูตร (ต่างฉบับกับบาลี) 2 ผูก, โพธิสัตวศีลมูลสูตร 1 ผูก และอื่นๆ อีก พึงสังเกตว่าเรียกคัมภีร์เหล่านี้ว่า ?สูตร? มิได้จัดเป็นปิฎกหนึ่งต่างหาก อรรถกถาพระสูตรของคันถรจนาจารย์อินเดีย