วิธีลงบัญชีลูกค้าโอนเงินมาเกิน/ขาด ต้องทำอย่างไรคะ

สอบถามผู้รู้ค่ะ
เงื่อนไขการชำระเงินของลูกค้า แบ่งเป็น 2 งวดดังนี้
 - 30% Down Payment (จ่ายเป็นโอน)
 - 70% 30 Days after delivery  (จ่ายเป็นเช็ค)
งวดแรกลูกค้าชำระเงินดาวน์ 30% เกินมา และได้คุยกันว่าจะหักส่วนต่างจากหน้าเช็คออกให้ตอนจ่าย 70%
ตอนออกใบกำกับทางเราออกเต็มจำนวนจริง 30% / 70%

อยากถามว่า
1.ตอนลงบัญชีงวดแรกและงวดสุดท้าย ต้องลงอย่างไรคะ
2.ใบกำกับภาษีจะแย้งกับยอดรับเงินทั้ง 2 งวด หรือมีปัญหาอะไรมั้ยคะ

ขอบคุณค่ะ