แปรงสีฟันไฟฟ้าและแปรงสีฟันทั่วไปมีคุณสมบัติในการกำจัดคราบจุลินทรีย์ไม่แตกต่างกัน เพราะฉะนั้น การแปรงฟันให้ได้ประสิทธิภาพมากที่สุดนั้น ไม่ได้ขึ้นอยู่กับชนิดของแปรงสีฟัน แต่เป็นการแปรงฟันอย่างถูกวิธี

เพราะไม่ว่าจะเป็นแปรงสีฟันไฟฟ้าหรือแปรงสีฟันธรรมดา ถ้าหากแปรงถูกวิธีก็ทำให้ฟันสะอาดได้เหมือนกัน แปรงสีฟันไฟฟ้าอาจเหมาะกับผู้ใช้บางกลุ่ม เช่น ผู้ที่มีปัญหาการใช้มือ ผู้พิการทางสมอง หรือผู้ป่วยติดเตียง เนื่องจากเป็นการใช้แรงสั่นสะเทือนของแปรงสีฟันในการกำจัดคราบอาหารและเชื้อจุลินทรีย์บนผิวฟัน

ผู้ใช้ไม่จำเป็นต้องขยับมือในการแปรงฟัน แต่มีข้อเสีย คือ แปรงสีฟันไฟฟ้ามีราคาสูงกว่าแปรงสีฟันทั่วไปมาก และไม่สามารถควบคุมแรงสั่นสะเทือนของแปรงได้ อาจทำให้เกิดการระคายเคืองขอบเหงือกในขณะแปรงฟัน