ธุรกิจแฟรน์ไชส์ขนส่ง บริษัท หักภาษี ณ ที่จ่ายไหม ถ้าหัก หักอย่างไร

เราทำธุรกิจแฟรน์ไชส์ สีส้มค่ะ ตอนแรกๆทำไปก็ราบรื่นดีนะคะ 
แต่พอเราสรรพากรเพื่อจ่ายภาษี เจ้าหน้าดูหลักฐานต่างๆ เช่นใบ 50 ทวิ ที่บริษัทออกให้ และใบการจ่ายคอมมิชชั่นที่เราได้รับ
กลายเป็นว่าเจ้าหน้าที่สรรพากรบอกได้ เรามีรายได้ทางเดียวจากการทำธุรกิจแฟรนไชส์ซึ่งได้รับค่าตอบแทนเป็นคอมมิชชั่น มันต้องหัก แบบ 40(2) 
แล้วให้เรากลับมาถามบริษัทว่าทำไมหักแบบนี้ แต่ปรากฏว่า บริษัทให้คำตอบแค่ว่า ถูกแล้วค่ะ 
เราเลยสับสนนิดหน่อย จึงอยากถามเพื่อนๆที่ทำธุรกิจ ในแบบเดียวกันว่า 
1. ปกติแล้วธุรกิจขนส่งแฟรนไชส์บริษัทหัก ภาษี ณ ที่จ่ายไหม (ใบ 50 ทวิ) ถ้าหัก หักยังไง 
2.(ข้อนี้ขอเพิ่มเติมค่ะ) ธุรกิจแฟรนไชส์ขนส่ง ปกติ เราให้ค่าคอมมิชชั่นกับบริษัท หรือบริษัทให้ค่าคอมมิชชั่นกับเราคะ 

ขอบคุณล่วงหน้านะคะสำหรับคำตอบ