มีวีซ่าถาวรญี่ปุ่น เมื่อออกจากญี่ปุ่นเกิน 1 ปี กลับไปจะมีปัญหาอะไรหรือไม่

...แม่ของผมมีวีซ่าถาวร และอาศัยอยู่ที่ประเทศญี่ปุ่นมาเป็นเวลานานแล้ว มีการเดินทางไปกลับญี่ปุ่น-ไทย อยู่เป็นระยะๆ  และในปีนี้ เดือนกุมภาพันธ์ 2563 แม่ก็เดินทางกลับมาไทย และเกิดสถานการณ์โควิด-19 จึงยังทำให้เดินทางกลับไปญี่ปุ่นไม่ได้ กะว่าจะรอจนกว่าสถานการณ์โควิดจะดีขึ้น ซึ่งไม่รู้ว่าจะอีกนานแค่ไหน
...ปัญหามีอยู่ว่า เมื่อช่วง2-3วันก่อน มีผู้หญิงคนหนึ่งซึ่งเป็นญาติกัน เขาก็มีวีซ่าถาวรเช่นกัน เขาพูดกับแม่ว่า  เขามาอยู่ไทยเกิน 1 ปี พอเดินทางกลับไปที่ญี่ปุ่น ตม. เขาไม่ให้เข้า กักตัวไว้แล้วสอบถาม  ซึ่งรายละเอียดตรงนั้นผมไม่ทราบว่าเพราะอะไร  แต่ผลปรากฏว่า วีซ่าเขาโดนยกเลิกและเปลี่ยนเป็นวีซ่าท่องเที่ยวแทน  
...ผมจึงมีความสงสัยและกังวลใจในเรื่องของกฏหมายในส่วนนี้  จึงอยากจะขอสอบถามท่านผู้รู้ หรือผู้ที่เกี่ยวข้องช่วยตอบเป็นความรู้และแนวทางในการปฏิบัติด้วยครับว่า  เรื่องนี้เป็นจริงหรือไม่ และถ้าจริงควรจะทำอย่างไรครับ