ไม่ได้จดvatแต่มีรายได้คิดvat ต้องทำไงคะ

รับทำบัญชีให้ห้างหุ้นส่วนจำกัด ห้างหนึ่ง แล้วประสบปัญหาดังนี้ค่ะ
1.ห้างฯไม่ได้จดvat แต่รับทำงานให้หน่วยงานภาครัฐ และหน่วยงานภาครัฐคิดค่างานรวมภาษีมูลค่าเพิ่ม และหัก ณ ที่จ่าย 1% จากราคาค่าบริการ(งานก่อสร้าง) ซึ่งถอดvat ทำให้หักภาษีไม่ถูกต้อง และห้างฯก็ไม่ได้ออกใบเสร็จให้กับหน่วยงานแต่อย่างใด เรานักทำบัญชีต้องทำยังไงคะ รับรู้รายได้จากยอดไหน และต้องปรับปรุงบัญชียังไง