ปรึกษาเรื่องภาษีครับ

ประกาศกรมสรรพากรฉบับนี้ยังมีผลใช้บังคับอยู่หรือเปล่าครับ
            เนื่องด้วยคุณหมอเปิดคลินิกส่วนตัว แบบไม่รับคนไข้ไว้ค้างคืน
        โดยคลินิกมีสัญญาเป็นเครือข่ายประกันสังคมให้กับโรงพยาบาลต่างๆ
และได้ทำการตรวจรักษาคนไข้ประกันสังคมของแต่ละโรงพยาบาลที่คลินิกนั้น
โดยเรียกเก็บค่ารักษาพยาบาลตามความยากง่ายของแต่ละโรคโรคซึ่งไม่เท่ากัน
จากโรงพยาบาลที่คนไข้ที่มาตรวจรักษาสังกัดอยู่
        ซึ่งทางโรงพยาบาลต้นสังกัดได้ชำระเงินให้แก่คลินิกโดยหักภาษี ณ ที่จ่าย 3%
        เมื่อครบปีภาษี ทางคุณหมอจึงได้นำไปยื่นเสียภาษีในมาตรา 40(6) เพราะเป็น
การประกอบวิชาชีพเวชกรรม แต่ทางสรรพากรบอกว่าถ้าเป็น 40(6) ต้องไม่มีหักภาษี ณ ที่จ่าย 3%
แล้วให้เข้ามาตรา 40(2) แทน
        ทีนี้เมื่อดูประกาศกรมสรรพากร ฉบับข้างบน ในข้อ 4 กรณีจ่ายเงินได้จาก
วิชาชีพอิสระ ก็ได้มีการกำหนดให้หักภาษีร้อยละ 3 ถูกต้องอยู่แล้ว
        จึงอยากเรียนปรึกษาว่า กรณีนี้ใครถูกครับ หรือกรมสรรพากรมีการออกประกาศฉบับใหม่กว่านี้
ออกมา โดยถ้าเป็น 40(6) ไม่ต้องหักภาษี ณ ที่จ่าย 3% แล้วครับ และ รายได้ที่เกิดขึ้นเป็นการตรวจรักษาที่คลินิกส่วนตัว
เป็นการประกอบวิชาชีพอิสระ ทำไมจึงเข้ามาตรา 40(2) ได้ครับ