แนะนำการเดินทางในโตเกียวหน่อยครับ

ผมมีแปลนจะไปญี่ปุ่นประมาณเดือนเมษายน-พ.ค. โดยกำหนดการคร่าวๆดังนี้ครับ
วันที่ 1 ถึงสนามบินนาริตะเข้าโตเกียวแวะเที่ยวรอบๆเมืองแล้วเข้าที่พักย่านชินจูกุ โดยจะพักที่เดียวตลอดทั้งทริป5วัน
วันที่ 2 เดินทางไปชมทะเลสาปฮาโกเน่ ล่องเรือโจรสลัด ขึ้นกระเช้าไปกินไข่ดำแล้วก็กลับเข้าโตเกียว
วันที่ 3 เดินทางไปชมพิพิธภัณฑ์โดราเอม่อน แล้วกลับเข้ามาช็อปรอบๆโตเกียว
วันที่ 4 ช็อปรอบๆเมืองโตเกียว
วันที่ 5 วัดนาริตะ สนามบินนาริตะ เตรียมเดินทางกลับ
อยากจะถามว่า
1. ควรใช้ตั๋วรถไฟแบบไหนถึงจะคุ้มค่าสุดครับ
2. ใครรู้ว่าเดินทางอย่างไรเริ่มจากจุดไหน ไปต่อรถไฟสายอะไรช่วยแนะนำหน่อยครับ
ขอบคุณมากครับ