ปาย เป็นเมืองเก่าแก่ มีหลักฐานว่า เจ้าเมืองคนแรกคือ ขุนส่างปายและในสมัย พระเจ้าโหตรประเทศ พระราชาธิบดี เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ ส่ง เจ้าแก้วเมือง ออกสำรวจชายแดน ได้พบว่าภูมิประเทศน่าสนใจ จึงแนะนำให้ขุนส่างปายย้ายเมืองมาตั้งฝั่งตะวันตกของแม่น้ำปายเพราะที่ราบกว้างขวาง ผู้คนจึงเรียกเมืองใหม่ ว่า เวียงใต้ ส่วนเมืองเก่าเรียกว่า เวียงเหนือ

พ.ศ. 2454 เมืองปายได้ยกฐานะเป็นอำเภอ โดยมีนายอำเภอคนแรกชื่อ รองอำมาตย์เอกหลวงเจริญเขตเขลางค์นคร (สอน สุขุมินทร์)
เมืองปาย  : ชุมทางชาติพันธุ์ตั้งแต่อดีต (ประวัติศาสตร์เมืองปาย)

ภูมิหลังทางประวัติศาสตร์
เมืองปาย เป็นเมืองที่มีคนตั้งถิ่นฐานตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ ในสมัยประวัติศาสตร์บริเวณที่ตั้งเมืองปายเป็นเมืองสำคัญของล้านนาในสมัยราชวงศ์มังรายซึ่งมีเมืองเชียงใหม่เป็นศูนย์กลาง ต่อมาเมืองปายได้ร้างไป พร้อมกับเมืองเชียงใหม่ ประมาณ พ.ศ. 2318 – 2338 เมืองปายได้ฟื้นฟูเป็นหมู่บ้าน และพัฒนาเป็นอำเภอปาย โดยมีผู้คนหลายกลุ่มชาติพันธุ์อพยพเข้ามาอาศัยอยู่ ได้แก่คนไทยวน (คนเมือง) คนไทใหญ่ ปกาเกอญอ (กะเหรี่ยง) และชาวไทภูเขาเผ่าต่าง ๆ ทั้งนี้เนื่องจากเมืองปายตั้งอยู่ในบริเวณที่อุดมสมบูรณ์มีแม่น้ำไหลผ่านหลายสายเหมาะสำหรับการประกอบอาชีพเกษตรกรรม ปัจจุบันเมืองปายเป็นเมืองชุมทางที่สำคัญเมืองหนึ่งบนเส้นทางระหว่างเชียงใหม่และแม่ฮ่องสอน

เมืองปาย สมัยก่อนประวัติศาสตร์
อำเภอปาย มีร่องรอยการอาศัยอยู่ของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ และมีชุมชนโบราณที่ปรากฏชื่อในตำนาน คัมภีร์ใบลานหลายเมือง และมีประวัติสืบต่อกันมานับร้อยปี ประกอบกับมีหลักฐานโบราณคดีปรากฏอยู่ในชุมชนโบราณดังกล่าวด้วย จากการศึกษาของพระครูปลัดกวีวัตน์ธนจรรย์ สุระมณี วัดเจดีย์หลวงอำเภอเมือง เชียงใหม่มีรายงานการสำรวจว่า ในเขตเมืองน้อย อำเภอปาย มีหลักฐานโบราณคดี สมัยก่อนประวัติศาสตร์ดังนี้

ถ้ำผีแมน บ้านห้วยหก (ตำบลเวียงเหนือ อำเภอปาย ) อยู่ห่างจากบ้านห้วยหกไปทางทิศตะวันตก ราว 1,500 เมตร พบซากกระดูก และระแทะคล้ายรางไม้ให้อาหารสัตว์ หลงเหลืออยู่บางส่วน ถูกชาวบ้านเผาไปเกือบหมดแล้ว ถ้ำผีแมนที่อยู่ของมนุษย์ก่อนประวัติศาสตร์นี้ ในเขตจังหวัดแม่ฮ่องสอนมีอยู่หลายแห่งเช่น

ถ้ำป่าคาน้ำฮู ตำบลปางหมู อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน

ถ้ำน้ำลอด อำเภอปางมะผ้า จังหวัดแม่ฮ่องสอน พบหลักฐานของใช้ของคนถ้ำในยุคนั้นคือ กำไลแขนทำด้วยโลหะ, หม้อดินลายเชือกทาบ,ขวานหินขุด ระแทะไม้ ฯลฯ

ถ้ำดอยปุ๊กตั้ง อยู่ทางทิศใต้ของบ้านห้วย (ตำบลเวียงเหนือ อำเภอปาย) ใช้เวลาเดินทางด้วยเท้าจากหมู่บ้าน ประมาณ 1 ชั่วโมง พบเครื่องใช้ของมนุษย์ถ้ำมีลักษณะเช่นเดียวกันกับที่พบในถ้ำผีแมนแห่งอื่น ๆ

ชุมชนโบราณเมืองน้อย
การตั้งถิ่นฐานของปกาเกอะญอ (กะเหรี่ยง) ชุมชนโบราณเมืองน้อยเป็นชุมชนที่พบหลักฐานทางด้านโบราณคดี และหลักฐานตำนานและศิลาจารึกที่สะท้อนให้เห็นว่าเมืองน้อยเป็นเมืองสำคัญในสมัยประวัติศาสตร์ราชวงศ์มังราย ตั้งอยู่ในเขตตำบลเวียงเหนือ อำเภอปาย แม่ฮ่องสอน ตำแหน่งละติจูดที่ 19 องศา 30 ลิปดา 58 ฟิลิปดา เหนือ และลองจิจูดที่ 98 องศา 30 ลิปดา 50 ฟิลิปดา ตะวันออก ระยะทางประมาณ 27 กิโลเมตร จากอำเภอปายไปทางทิศเหนือ เมืองน้อย เมื่อสองร้อยปีเศษมานี้มีสภาพเป็นเมืองร้าง ปัจจุบันได้มีชนเผ่าปกาเกอะญอ (กะเหรี่ยง) เข้าไปจับจองอาศัยตั้งบ้านเรือนที่บ้านเมืองน้อยโดยมีชื่อใหม่หลายหมู่บ้าน คือ บ้านหัวฝาย บ้านห้วยงู บ้ายห้วย บ้านห้วยหก บ้านกิ่วหน่อ บ้านมะเขือคัน