ขอถามเรื่องการ transit เครื่องบิน แต่สายการบินแตกต่างกันครับ

มีโครงการจะไปเที่ยว ออสเตรีย & มอลต้า ครับ โดยจะไปเที่ยวมอลต้าก่อน ดูรายละเอียดเที่ยวบิน คือ นั่ง ออสเตรียนแอร์ไลน์ ไปลงเวียนนา (ถึงเวียนนาเวลา 5:30 ) จากนั้นต่อเครื่องโดย แอร์มอลต้า รอบ 10:40  จึงอยากขอถามข้อมูลครับว่าพอถึงเวียนนาแล้วจะต้องไปผ่าน ตม. , ไปรับกระเป๋า และ ไปเช็คอินใหม่ที่เคาน์เตอร์ของแอร์มอลต้า หรือปล่าวครับ  เคยแต่ transit แต่เป็นสายการบินเดียวกัน (เลย เช็ค through) แต่อันนี้แตกต่างสายการบินกันครับ  อีกอย่าง แอร์มอลต้า ก้อเป็นสายการบินเล็กๆไม่มีเครือข่ายพันธมิตรการบินด้วยครับ  ไงขอข้อมูลจากผู้รู้หน่อยครับ
เออ.....และถ้าไม่ต้องไปผ่าน ตม.ที่เวียนนา รวมถึงไม่ต้องไปรับกระเป๋า ตรงนี้เราจะต้องแจ้งหรือบอกกับทางเคาน์เตอร์เช็คอินของ ออสเตรียนแอร์ไลน์ที่สุวรรณภูมิด้วยมั๊ย  ว่าเราต้องมี transit เครื่องไปมอลต้า โดยแอร์มอลต้า