ภาคพิเศษคงหมายถึง The Animatrix เป็นการ์ตูนของเรื่อง the matrix เป็นแบ่งเป็น 9 ส่วน ดูข้อมูลได้จากข้างล่าง

https://th.wikipedia.org/wiki/%E0%B8%94%E0%B8%B4_%E0%B9%81%E0%B8%AD%E0%B8%99%E0%B8%B4%E0%B9%80%E0%B8%A1%E0%B8%97%E0%B8%A3%E0%B8%B4%E0%B8%84%E0%B8%8B%E0%B9%8C

เรื่อง the matrix คนแต่งได้รับแรงบรรดารใจมาจากการ็ตูนญี่ปุ่นหลายๆเรื่อง เช่นGhost in the shell(ที่เป็นหนังเข้าฉายในโรงนั่นแหละ)หรือAKIRA

เนื้อเรื่องก่อนหน้า หนังthe matrixหลัก จะอยู่ในการ์ตูนThe Animatrix ชือThe Second Renaissance : Part 1-2
ว่าด้วยเรื่องของจุดเริ่มต้นสงครามมนุษย์และเครื่องจักร์

ปลายคริสต์ศตวรรษที่ 21 ที่เรียกกันว่า "ยุคเรอเนสซองส์ที่สอง" มนุษย์มีวิทยาการเจริญขึ้นถึงขีดสุด และใด้สร้างหุ่นยนaiที่มีความรู้สึกนึกคิดและจิตใจเหมือนมนุษย์ขึ้นมาเป็นทาสรับใช้ตัวเอง จนวันหนึ่ง มีหุ่นยนรหัสB1-66ERใด้ทำการฆ่ามนุษย์เจ้านายตัวเอง โดยให้เหตุผลกับมนุษย์ในชั้นศาลว่าตัวเองไม่อยากตาย หุ่นตัวนี้ถูกตัดสินประหาร แต่พวกหุ่นยนตัวอื่นได้ทำการชุมนุมประท้วงเป็นการใหญ่ทำให้มนุษย์ทำการกวาดล้างหุ่นยนครั้งใหญ่
พวกหุ่นยนที่รอดก็หนีตายไปสร้างเมืองตัวเองขึ้นมา ชื่อ ซีโร่-วัน (01) เมืองนี้มีวิทยาการก้าวหน้ากว่ามนุษย์มาก ได้สงออกผลิตภัณฑ์ สินค้า เพื่อแข่งกับมนุษย์ เหมือนปะกาศการมีตัวตนเท่าเทียมกับมนุษย์ที่เป็นผู้สร้างตัวเอง เรื่องได้ลุกลามบานปลายไปเลื่อยๆ ตั้งแต่แบนไม่นำเข้าสินค้าจาก 01 ปฏิเสธการเป็นประเทศของเมือง 01 สุดท้ายก็ประกาศสงครามกับ พวกเครื่องจัก

ซึ่งสงครามเริ่มโดยการที่มนุษย์ดำเนินปฏิบัติการณ์ "ดาร์ก สตอร์ม"Dark Storm) เป็นการสร้างควันดำขึ้นมาบดบังแสงอาทิตย์จากท้องฟ้า ที่มนุษย์เชื่อว่าคือแหล่งพลังงานของเครื่องจัก โลกในthe matrixจึงไม่เคยมีใครได้เห็นดวงอาทิตย์เลย
บทสรุปของสงครามคือมนุษย์แพ้ ส่วนใหญ่ยอมจำนน ก็ถูกเอาไปทำเป็นแหล่งพลังงานแทนพลังงานแสงอาทิตย์ที่ควันดำบังไว้ พูดง่ายๆมนุษย์ถูกทำให้เป็น ถ่านแบตเตอรี่พลังงานไฟฟ้าจากสมอง และมนุษย์ส่วนน้อยหลบหนีไปอยู่ใต้ดิน ซึ่งจะกลายเป็น ชุมชนที่ชื่อ ไซออนในหนัง

เครื่องจักได้พัฒนาระบบโลกเสมือนจริงขึ้นเพื่อ "หลอก" ให้มนุษย์เชื่อว่าชีวิตของตนยังเป็นปกติสุข เพื่อสะดวกต่อการสร้างพลังงานหล่อเลี้ยงเครื่องจักร ระบบนี่มีชื่อว่า Matrix (ในหนังเป็นMatrix รุ่น 3.0)รุ่นก่อนหน้านั้นผิดพลาดไปในแบบต่างๆ

สุดท้ายที่นีโอได้ไป ต่อรองกับเครื่องจักรนั้นก็เพราะนายสมิทโปรแกรมแอนตี้หรือโปรแกรมควบคุมมนุษย์ มันได้มีความนึกคิดเป็นของตัวเองและเลวรายลงเลือยๆ แถมยังยึดระบบMatrixไว้ได้หมดแล้ว ไม่พอนายสมิทยังสรมารถเขามาในโลกแห่งความเป็นจริงได้อีกด้วยโดยการสิงมนุษย์ที่ออกจากMatrixได้ นี่โอจึงได้ไปเจรจากับเทพพระเจ้าของเครื่องจักชื่อ Deus ex machina (เดวส์เอกส์มาคีนา)ชือเหมือนพระเจ้าในเรื่องMirai Nikki บันทึกมรณะ เกมล่าท้าอนาคต สรุปได้ใจความว่าโปรแกรมสมิทยึดMatrixไว้แล้วแถมออกมาโลกความจริงได้ด้วย เข้าจะมายึดเมืองของคุณมุงด้วย แตตูช่วยได้นะมีข้อแม้คุณต้องทำสันติกับมนุษย์ สุดท้ายโปรแกรมสมิทก็ถูกทำลาย สันติที่ไม่รู้จะนานขนาดใหนก็เกิดขึ้น Matrixอัพเป็นรุ่น 4.0

เรื่องราวต่อจากในหนังมีคร่าวๆคือจิตของนีโอเหมือนจะกลายเป็นผู้หญิง มนุษย์เริ่มใช้พลังจิตได้ เหมือนกับที่นีโอเคยใช้ระเบิดทำหลายหุ่นยนที่มาโจมตียานตอนไปหาDeus แต่ตอนนั้นหุ่นยนมีเยอะเกินไปทำให้ทรีนีตี้ต้องขับทะลุควันดำขึ้นไปบนฟ้าจนได้เห็นดวงอาทิตย์เป็นครั้งแรก

ถือว่าโดนดีด้วยกันทั้งคู่ ทั้งมนุษย์ และ เครื่องจัก เครื่องจักทำผิดที่ทำร้ายผู้สร้างของตนเองจึงถูกลงโทษโดยการตองดูแลผู้สร้างตัวเองไปตรอดการ
มนุษย์ทำผิดที่กันไปสร้าง Dark Storm ทำให้ต้องกลายเป็นแบตเตอรี่พลังงานไปตลอดการ