ในรัชกาลพระเจ้าปราสาททองทรงโปนดให้ทำลายหมู่บ้านญี่ปุ่นใน พ.ศ. ๒๑๗๓ เนื่องจากเกิดเหตุการณ์ก่อจลาจลของชาวญี่ปุ่นในเมืองนครศรีธรรมราชหลังจากออกญาเสนาภิมุขท่เป็นเจ้าเมืองถูกลอบสังหาร

อย่างไรก็ตามสมเด็จพระเจ้าปราสาททองทรงเล็งเห็นถึงผลประโยชน์ทางเศรษฐกิจที่ได้จากการทำการค้ากับญี่ปุ่น จึงทรงยอมให้ชาวญี่ปุ่นได้ตั้งหมู่บ้านขึ้นใหม่ รวมถึงทรงพระราชทานบรรดาศักดิ์ให้ชาวญี่ปุ่นระดับหัวหน้า นอกจากนี้ก็ทรงพยายามส่งสำเภาพระราชสาส์นไปยังเมืองนางาซากิเพื่อเจริญสัมพันธไมตรีเหมือนแต่ก่อน อย่างไรก็ตามในระยะแรกมีชาวญี่ปุ่นกลับมาตั้งถิ่นฐานอยู่ราว ๖๐-๗๐ คนเท่านั้น

นอกจากนี้บะกุฝุเอโดะก็มีคำสั่งให้ขับไล่คณะทูตที่พระเจ้าปราสาททองทรงส่งไปนางาซากิ เนื่องจากไม่เห็นชอบที่พระเจ้าปราสาททองทรงชิงราชสมบัติจากโอรสพระเจ้าทรงธรรม และนอกจากนี้คงไม่ชอบใจที่พระเจ้าปราสาททองทรงขับไล่ไสส่งชาวญี่ปุ่นในอยุทธยาด้วย

ในช่วงเวลาเดียวกัน ญี่ปุ่นได้เริ่มนโยบายปิดประเทศหรือ “ซะโกะกุ (鎖国)” ด้วยการออกกฎหมายในช่วง พ.ศ.๒๑๗๖ ถึง พ.ศ.๒๑๘๑ จำนวนห้าฉบับ ไม่อนุญาติให้มีการค้าขายกับต่างประเทศ และไม่อนุญาตให้ชาวญี่ปุ่นเดินทางออกนอกประเทศไปทำการค้าขายอีกและห้ามชาวญี่ปุ่นที่ออกนอกประเทศรวมถึงคนต่างด้าวเข้ามาในญี่ปุ่น แต่มีการเปิดเขตการค้าในบางเมืองและยินยอมทำการค้าบางประเทศเท่านั้น ทำให้ความสัมพันธ์กับญี่ปุ่นซบเซาลงนับแต่นั้น และไม่มีสำเภาของญี่ปุ่นเข้ามาทำการค้าขายในไทยอีก ประชากรญี่ปุ่นในไทยก็ลดลงไปตามเวลา  

แต่ก็ไม่ใช่ว่าการติดต่อค้าขายระหว่างญี่ปุ่นกับกรุงศรีอยุทธยาจะหมดสิ้นลงโดยสิ้นเชิง แม้จะไม่มีสำเภาของญี่ปุ่นมาหรือไม่สามารถค้าขายกับญี่ปุ่นได้โดยตรง อยุทธยายังสามารถอาศัยสำเภาของจีน (ซึ่งเป็นชาติต่างประเทศที่ญี่ปุ่นอนุญาตให้ทำการค้า) บรรทุกสินค้าไปทำการซื้อขายที่เมืองนางาซากิได้

ในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ซึ่งเป็นพระโอรสของพระเจ้าปราสาททองก็ยังมีชาวญี่ปุ่นอาศัยอยู่มากพอสมควร และยังปรากฏบทบาทของทหารกรมอาสาญี่ปุ่นอยู่ ซึ่งปรากฏในพระราชพงศาวดารว่าเมื่อครั้งที่สมเด็จพระนารายณ์จะทรงชิงราชสมบัติจากพระศรีสุธรรมราชาพระเจ้าอานั้น ปรากฏชื่อพระยาเสนาภิมุขเจ้ากรมอาสาญี่ปุ่น กับพระยาไชยาสุรสมุหบัญชีกรมอาสาญี่ปุ่น ได้คุมทหารญี่ปุ่นเข้าร่วมก่อการกับสมเด็จพระนารายณ์ด้วย

“จึ่งเสดจ์พระราชดำเนีรโดยพระทวารพิพิตรยาตราไปโดยทางหน้าวัดพระพลาไชย จึ่งพญาเสนาธิมุขพญาไชยาสุร คุมยี่ปุ่นสี่สิบมากราบบังคมทูลฃออาษาราชการ”

เทียบกับสมัยสมเด็จพระเจ้าทรงธรรมที่พบหลักฐานว่ามีทหารอาสาญี่ปุ่นถึง ๖๐๐ คนนั้น ก็พบว่าจำนวนลดลงมาก ซึ่งนอกจากเพราะประชากรญี่ปุ่นในกรุงศรีอยุทธยาน้อยลงแล้วก็น่าจะเพราะความไม่วางใจในทหารชาวญี่ปุ่นด้วย ซึ่งก็ปรากฏในหลักฐานของลาลูแบร์สมัยสมเด็จพระนารายณ์ว่าทหารรักษาพระองค์ชาวญี่ปุ่นถูกยุบทิ้งไปตั้งแต่สมัยพระเจ้าปราสาททอง ด้วยเหตุความไม่วางพระทัยชาวญี่ปุ่นที่ได้กล่าวมา

“เมื่อครั้งกระโน้น พระมหากษัตริย์สยามทรงเคยมีทหารรักษาพระองค์ชาวญี่ปุ่นจำนวนถึง ๖๐๐ คน แต่เพราะเหตุที่ทหารญี่ปุ่นเหล่านี้เพียง ๖๐๐ คนเท่านั้น อาจทำให้ราชอาณาจักรสยามสั่นสะเทือนเมื่อไรก็ได้โดยพลการ สมเด็จพระชนกนาถของพระมหากษัตริย์องค์ปัจจุบันนี้ เมื่อได้ทรงใช้กำลังญี่ปุ่นช่วงชิงเอาราชบัลลังก์ได้แล้ว ก็ทรงแสวงหาทางยุบเลิกกองทหารนี้เสียโดยพระราโชบายมากกว่าจะใช้กำลังขับไล่ไปให้พ้นเสียตรงๆ”

อย่างไรก็ตามคงจะไม่ได้ทรงยุบทิ้งไปทั้งหมด เพราะยังปรากฏหลักฐานว่ามีอยู่ใพพงสาวดาร และปรากฏชาวญี่ปุ่นในกระบวนพยุหยาตราในสมัยสมเด็จพระนารายณ์อยู่ ซึ่งสันนิษฐานว่าน่าจะแค่ลดจำนวนลงเท่านั้น

ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์ก็ยังมีชาวญี่ปุ่นที่มีบทบาทโดดเด่นอยู่ คือนางมารีอา กูโยมาร์ เดอ ปินา (Maria Guiomar de Pina) หรือที่คนไทยรู้จักในชื่อท้าวทองกีบม้า ภรรยาของออกญาวิไชยเยนทร์ (Constance Phaulkon) เสนาบดีชาวกรีกในสมัยสมเด็จพระนารายณ์ โดยนางเป็นญี่ปุ่นที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก มีเชื้อสายญี่ปุ่นจากทั้งข้างบิดาและมารดา ซึ่งยังมีชีวิตอยู่จนถึงรัชสมัยพระเจ้าท้ายสระ

แต่เราไม่พบหลักฐานที่กล่าวถึงบทบาทของชาวญี่ปุ่นในฐานะทหารอาสาชัดเจนอย่างอดีตอีก มีปรากฏเล็กน้อยว่าในหลักฐานร่วมสมัยขอบาทหลวงฝรั่งเศสที่กล่าวถึงสงครามปราบกบฏเมืองนครราชสีมาใน พ.ศ. ๒๒๔๓ สมัยสมเด็จพระเพทราชาว่าทรงลงอาญาแม่ทัพนายกองในสงครามครั้งนั้น ๔๘ คนในข้อหากบฏ หนึ่งในนั้นมีหัวหน้าชาวญี่ปุ่นอยู่สองคนด้วย จึงสันนิษฐานว่าอาจจะยังมีชาวญี่ปุ่นอยู่ในฐานะทหารอาสาอยู่ แต่คงไม่มากเหมือนในอดีตแล้ว

จนถึงสมัยปลายกรุงศรีอยุธยาก็พบว่าชาวญี่ปุ่นดั้งเดิมน่าจะลดจำนวนลงตามเวลาและน่าจะถูกกลืนไปเป็นคนไทยหมดแล้ว ไม่เหลือชาวญี่ปุ่นอีกต่อไป ดังที่ปรากฏหลักฐานจดหมายของมองซิเออร์เลอเฟฟร์บาทหลวงคณะมิสซังต่างประเทศฝรั่งเศส ถึงผู้อำนวยการคณะต่างประเทศ ลงวันที่ ๑๒ เดือน กันยายน ค.ศ. ๑๗๔๑ (พ.ศ. ๒๒๘๔) ที่กล่าวถึงเหตุการณ์ใน พ.ศ. ๒๒๘๒ สมัยพระเจ้าอยู่หัวบรมโกศว่าหมู่บ้านญี่ปุ่นในกรุงศรีอยุทธยานั้นว่างไปแล้ว และได้กลายเป็นที่อยู่ของชาวญวนเข้ารีตแทน ซึ่งปรากฏหลักฐานมาอีกว่าใน พ.ศ. ๒๒๙๒ ญวนกลุ่มนี้ก็ยังอาศัยที่บ้านญี่ปุ่นอยู่

“เมื่อปี ค.ศ. ๑๗๓๙ (พ.ศ. ๒๒๘๒) เจ้าพนักงารได้จับพวกญวนเข้ารีตที่เมืองจันทบุรีส่งเข้าไปยังกรุงศรีอยุธยาหลายครัว โดยสงสัยว่าพวกญวนเหล่านี้จะเปนสลัดหรือเปนพรรคพวกของสลัดชาติญวนซึ่งมากระทำการร้ายในข่าวสยามอยู่เนือง ๆ พอพวกญวนเหล่านี้ได้มาถึงกรุงศรีอยุธยาก็ได้ตรงมาหาเราเพราะหวังจะได้อยู่กับพวกญวนเข้ารีตใกล้กับโรงเรียนสามเณร แต่พอเจ้าพระยาพระคลังได้ทราบว่าพวกญวนได้มาอยู่ใกล้กับโรงเรียนจึงบังคับให้ญวนเหล่านี้ไปอยู่ในค่ายยี่ปุ่นซึ่งในเวลานั้นว่างอยู่ แต่ถึงพวกนี้จะอยู่ไกลออกไปก็จริง แต่ผู้ที่เปนคนข้ารีตก็ได้มา ฟังสวดที่วัดเสมอ และพวกที่ไม่ได้เข้ารีตได้มาขอเข้ารีตก็หลายคน”

ในหลักฐานอีกชิ้นคือเอกสาร “คำให้การขุนหลวงหาวัดประดู่ทรงธรรม” เอกสารจากหอหลวงที่กล่าวถึงภูมิสถานของกรุงศรีอยุทธยา ซึ่งสันนิษฐานว่าเรียบเรียงโดยคนที่เกิดทันสมัยนั้น (แต่พบว่ามีการแทรกความเพิ่มเติมในสมัยหลังด้วย) ก็บ่งบอกไปในทางเดียวกันว่าหมู่บ้านญี่ปุ่นสมัยนั้นไม่มีชาวญี่ปุ่นอาศัยอยู่แล้ว แต่เป็นคนไทยอาศัยอยู่แทน

“บ้านยี่ปุ่น ชาวบ้านนั้นเปนชาวไทย ตั้งบ้านเรือนอยู่หลังตึกยี่ปุ่น ชาวบ้านนั้นรับกงเรือน้อยใหญ่แลกงสำเภาไว้ฃาย แลรับไม้กงกางไว้ขายพวกทำฟันสีเข้า ๑”

https://www.facebook.com/WipakHistory/photos/a.1050804244983045.1073741828.1046096062120530/1283335805063220/?type=3&comment_id=1283861045010696&reply_comment_id=1284098198320314&comment_tracking=%7B%22tn%22%3A%22R%22%7D