ในช่วงเวลาก่อนสมัยสมเด็จพระนเรศวร อยุทธยากับหัวเมืองฝ่ายเหนือไม่ได้เป็นอันหนึ่งอันเดียวกันอย่างชัดเจนเช่นประเทศไทยในปัจจุบันครับ แต่ก็ไม่เชิงว่าจะต่างคนต่างอยู่เมืองใครเมืองมัน ทั้งสองก็มีความเกี่ยวพันกันอยู่ในระดับหนึ่ง

หัวเมืองฝ่ายเหนือหรือบริเวณจังหวัดภาคกลางตอนบนในปัจจุบัน เป็นดินแดนของรัฐสุโขทัยเดิม ซึ่งอยู่ร่วมสมัยกับอยุทธยา ซึ่งแม้ว่าจะมีหลักฐานว่าทั้งสองดินแดนมีวัฒนธรรมใกล้เคียงกัน และมีการใช้ภาษาไท แต่ก็ยังมีความแตกต่างกันอยู่ (ดินแดนลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาภาคกลางจะมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับทางละโว้และเขมร ซึ่งจะได้อิทธิพลทางนี้เข้มข้นมากกว่าสุโขทัย) และไม่ได้มองว่าผู้คนในสองรัฐนั้นเป็น "คนไทย" เหมือนกันอย่างในปัจจุบันครับ

อยุทธยาสามารถทำสงครามผนวกสุโขทัยไว้ในอำนาจได้ และมีความพยายามรวบอำนาจเพื่อกลืนให้สุโขทัยกลายเป็นหัวเมืองของอยุทธยาอย่างสมบูรณ์ ซึ่งมีในรูปแบบการให้เจ้านายฝั่งตนแต่งงานกับเจ้านายฝั่งสุโขทัยเพื่อสร้างความชอบธรรมในการปกครองหัวเมืองฝ่ายเหนือ ซึ่งก็ปรากฏว่ามีการส่งเจ้าลูกครึ่งไปครองอยู่หลายสมัย

นอกจากนี้ก็มีการพยายามรวบอำนาจเข้าส่วนกลางมากขึ้น อย่างเช่นนโยบายการปฏิรูปการปกครองในสมัยสมเด็จพระบรมไตรโลกนารถ ที่ไม่มีกษัตริย์ตำแหน่ง "มหาธรรมราชา" ปกครองฝ่ายเหนืออีก เป็นแค่เจ้าเมืองธรรมดา ซึ่งก็ทำให้เจ้าฝ่ายเหนือไม่พอใจ เช่นกรณีของพญายุทธิษเฐียรเจ้าเมืองสองแควและพญาเชลียงที่แปรพักตร์ไปเข้ากับเชียงใหม่

ในสมัยหลังๆ พิษณุโลกซึ่งกลายเป็นราชธานีของหัวเมืองฝ่ายเหนือ ได้กลายเป็นเมืองที่พระมหาอุปราชจากอยุทธยาประทับ (ซึ่งสันนิษฐานว่าแต่ละองค์น่าจะมีพระมารดาเป็นชาวเหนือ) แต่ในสมัยสมเด็จพระไชยราชาก็ปรากฏว่าไม่มีการตั้งอุปราชครองเมืองอีก มีแต่เจ้าเมืองปกครอง และเจ้านายฝ่ายเหนือเองก็ไม่ได้มีอำนาจในท้องถิ่น แต่ถูกดึงตัวมารับราชการใกล้ชิดพระเนตรพระกรรณ อย่างขุนพิเรนทรเทพ ซึ่งมีตำแหน่งเป็นเจ้ากรมพระตำรวจใหญ่ขวา นับว่าเป็นการรวบอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางที่มีประสิทธิภาพอย่างหนึ่ง

อย่างไรก็ตามเจ้าฝ่ายเหนือได้กลับมามีอำนาจเพราะได้ช่วยปราบปรามขุนวรวงศาธิราชกับแม่อยู่หัวศรีสุดาจันทร์ และหนุนให้พระมหาจักรพรรดิได้ราชสมบัติ และต่างก็ได้รับปูนบำเหน็จอย่างใหญ่โต โดยขุนพิเรนทรเทพได้รับการสถาปนาเป็นสมเด็จพระมหาธรรมราชาธิราช เป็นกษัตริย์ของเมืองพิษณุโลก มีราชสำนักและขุนนางทหารพลเรือนเป็นของตนเอง และขุนนางฝ่ายเหนืออื่นๆ เช่นพระยาพิชัย พระยาสวรรคโลกก็มีบรรดาศักดิ์สูงขึ้น

นับว่าเป็นการกระจายอำนาจการปกครองให้หัวเมืองฝ่ายเหนืออีกครั้งจากที่เคยรวบอำนาจมาได้ เพราะสถานะของพระมหาธรรมราชานั้นใกล้เคียงกับเจ้าประเทศราชที่ขึ้นกับอยุทธยาซึ่งมีอำนาจปกครองดินแดนของตน จึงส่งผลต่อเสถียรภาพการปกครองของอยุทธยา เพราะมีแนวโน้มว่าอาจจะแยกตัวจากส่วนกลางไปได้ แม้ว่าจะอยู่ใต้อำนาจของอยุทธยา

การที่พระมหาจักรพรรดิทรงให้อำนาจพระมหาธรรมราชาอย่างมาก สันนิษฐานว่าเพราะทรงไม่มีฐานอำนาจใดๆ แต่ได้ราชสมบัติด้วยความช่วยเหลือของพระมหาธรรมราชาและหัวเมืองเหนือ จึงต้องทรงประนีประนอมทางอำนาจเพื่อให้ได้ผลประโยชน์ที่พอใจทั้งสองฝ่าย

นอกจากนี้พระมหาจักรพรรดิยังให้พระวิสุทธิกษัตรีพระธิดาเป็นมเหสีของพระมหาธรรมราชา เพื่อเป็นการสร้างเครือข่ายความเชื่อมโยงระหว่างสองรัฐเอาไว้ ถือเป็นการสร้างความปรองดองในระดับหนึ่ง ซึ่งการสร้างเครือข่ายนี้จะมีประสิทธิภาพดีหรือไม่ก็ขึ้นอยู่กับบารมีของกษัตริย์ผู้เป็นศูนย์กลาง รวมไปถึงความสัมพันธ์ทั้งสองด้วย ซึ่งก็ปรากฏว่าในระยะแรกๆ ความสัมพันธ์ของอยุทธยากับพิษณุโลกเป็นไปอย่างปกติ พระมหาธรรมราชาก็น่าจะพอในสถานะที่ทรงได้รับ และก็ปรากฏในพงศาวดารว่าทั้งสองเมืองก็มีการให้ความช่วยเหลือกันโดยตลอดเช่น ในสงครามพระเจ้าตะเบ็งชเวตี้ พ.ศ.๒๐๙๑ ที่พิษณุโลกยกทัพลงมาตีกระหนาบหงสาวดี (ไม่ปรากฏหลักฐานว่าไม่เต็มใจครับ) และในสงครามช้างเผือก พ.ศ.๒๑๐๖ ที่อยุทธยาทรงทัพไปช่วยพิษณุโลกที่โดนหงสาวดีล้อม แต่ไปไม่ทัน


แต่เกิดมีปัจจัยภายนอกมามีอิทธิพลคือการทำสงครามกับหงสาวดี ซึ่งส่งผลให้พิษณุโลก (ซึ่งเดิมก็มีอำนาจปกครองตนเองอยู่แล้ว) หันไปเข้ากับหงสาวดีแทนเนื่องจากไม่สามารถทานกำลังได้ โดยหลังจากสงครามช้างเผือก พ.ศ.๒๑๐๖ ซึ่งตอนนั้นอยุทธยาน่าจะเสียสถานะเจ้าเอกราช (ราชาผู้เป็นเอก) ให้หงสาวดีไปแล้วดังที่พงศาวดารพม่ากล่าว (เสียช้างเผือก เสียพระโอรส รวมถึงพระมหาจักรพรรดิถูกพาตัวไปหงสาวดีด้วย)

ความสัมพันธ์ระหว่างกษัตริย์อยุทธยาและพิษณุโลกก็ไม่ราบรื่น อาจเพราะการขึ้นมามีอำนาจของพระมหินทราธิราช หลังพระมหาจักรพรรดิสละราชสมบัติ (ตามพงศาวดารไทย) หรือถูกพาตัวไปหงสาวดี (ตามพงศาวดารพม่า)

ปรากฏในหลักฐานฝั่งไทยว่าพระมหาธรรมราชา (ตอนนั้นน่าจะมีสถานะคล้ายๆ 'เจ้าสองฝ่ายฟ้า' ขึ้นกับทั้งหงสาวดีและอยุทธยา) ทรงมีอำนาจสิทธิขาดในหัวเมืองฝ่ายเหนือทั้งหมด ถึงขั้นว่าการแผ่นดินในอยุทธยาเองก็ตามถ้าพระมหาธรรมราชาจะสั่งอะไรพระมหินทราธิราชซึ่งครองอยุทธยาอยู่ต้องทำตาม

"ในขณะนั้น เมืองเหนือทั้งปวงเปนสิทธิ์แก่พระมหาธรรมราชา อนึ่งการแผ่นดินในกรุงพระนครศรีอยุทธยา พระมหาธรรมราชาก็ช่วยบำรุงแลบังคับบัญชาลงมาเปนประการใดไซร้ สมเด็จพระมหินทราธิราชเจ้าแผ่นดินก็ตรัสให้ทำตามกฎให้ลงมานั้นทุกประการ อยู่มาก็แค้นพระราชหฤไทย"

ซึ่งถ้าพระมหินทร์ยังทรงสถานะเป็น "เจ้าเอกราช" อยู่ ไม่น่าจะเป็นไปได้ที่พระมหาธรรมราชาจะทรงสั่งการอะไรได้ จึงสันนิษฐานว่าอำนาจของพระมหาธรรมน่าจะมาจากหงสาวดีอีกต่อหนึ่ง และก็ปรากฏว่าพระมหาธรรมราชาทรงรับใช้พระเจ้าหงสาวดีอย่างเช่นส่งข่าวเรื่องพระเทพกษัตรีย์ ทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างอยุทธยาและพิษณุโลก ทางอยุทธยานำโยพระมหินทร์ก็ชักนำล้านช้างเข้ามา ทางพิษณุโลกก็ถูกบีบให้ไปเข้ากับหงสาวดีมากขึ้น จนในที่สุดพระเจ้าบุเรงนองจึงทรงตั้งพระมหาธรรมราชาเป็น "เจ้าฟ้าสองแคว" เข้าใจว่าเป็นการตั้งเหมือนกับเจ้าฟ้าไทใหญ่ที่เป็นประเทศราชของหงสาวดีทั้งหลาย ทำให้พิษณุโลกกับหัวเมืองฝ่ายเหนือตกเป็นของหงสาวดีอย่างแท้จริง


จนเมื่อพระมหาธรรมราชาได้ครองกรุงศรีอยุทธยา ไพร่พลในเมืองอยุทธยารวมไปถึงเจ้านายราชวงศ์เก่าได้ถูกกวาดต้อนไปอยู่หงสาวดีจำนวนมากแล้ว ก็น่าจะมีการเทครัวหัวเมืองฝ่ายเหนือลงมาเป็นกำลังมากขึ้น โดยมีการเทครัวหัวเมืองฝ่ายเหนือทั้งหมดใน พ.ศ.๒๑๒๗ หลังจากสมเด็จพระนเรศวรทรงประกาศอิสรภาพ น่าจะทำให้ภายหลังพลเมืองเหนือและใต้ก็คงจะกลืนกันเป็นพวกเดียวหมด ทำให้ความแปลกแยกระหว่างหัวเมืองฝ่ายเหนือกับอยุทธยาหมดลงไปในที่สุดครับ

ถ้าจะมีที่ไม่เต็มใจยกทัพร่วมมือ มีในกรณีของพระยาพิชัย พระยาสวรรคโลก ที่ไม่ยอมเทครัวลงมาตามรับสั่งของสมเด็จพระนเรศวร ซึ่งกรณีนี้น่าจะเพราะไม่มั่นใจว่าอยุทธยาจะสามารรับมือหงสาวดีได้มากกว่าครับ

และหลังจากสมัยสมเด็จพระนเรศวรมา ก็ไม่มีการส่งเจ้านายที่มีอำนาจเต็มไปปกครองเมืองพิษณุโลกอีก พิษณุโลกและหัวเมืองฝ่ายเหนือจึงน่าจะถูกผนวกกลายเป็นหัวเมืองของอยุทธยาอย่างสมบูรณ์ในยุคหลังครับ


ส่วนกรณีความไม่ร่วมมือของหัวเมืองฝ่ายเหนือในสมัยรับศึกพม่าตอนเสียกรุงครั้งที่สอง ที่เจ้าพระยาพิษณุโลกกลับเมืองโดยอ้างว่าต้องไปงานศพมารดานั้น จริงๆ ก็ไม่ได้เกิดเฉพาะหัวเมืองฝ่ายเหนือเท่านั้น แต่ก็ยังมีเมืองอื่นๆ ด้วย ซึ่งเป็นผลมาจากความล้มเหลวในระบบไพร่ของสมัยกรุงศรีอยุทธยาตอนปลายครับ โดยส่วนกลางได้จำกัดอำนาจของหัวเมืองลงมากเพื่อเสถียรภาพของส่วนกลาง แต่ก็ทำให้หัวเมืองขาดความเข้มแข็งเมื่อต้องรับศึกจากภายนอก และไม่สามารถเกณฑ์ไพร่พลได้มากเพียงพอ ดังปรากฏหลักฐานว่าในสมัยนั้นเกิดไพร่หนีนายรวมตัวกันจำนวนมาก

การปกครองหัวเมืองในระบอบศักดินาโบราณก็มีอิสระมากกว่าการปกครองรูปแบบรัฐชาติในปัจจุบัน แม้ว่าจะมีหลักฐานว่าคนในสมัยนั้นเรียกตัวว่า "คนไทย" แต่ความรู้สึกเป็นอันหนึ่งอันเดียวกันเช่นความเป็น "ชาติไทย" อย่างในปัจจุบันยังไม่ปรากฏ  

และเมื่อเกิดสงครามหัวเมืองเหล่านั้นแม้ทางนิตินัยจะเป็นหัวเมืองใต้ปกครองของอยุทธยาที่เป็นรัฐบาลกลาง แต่ทางพฤตินัยอยุทธยาตอนปลายก็ไม่ได้มีอำนาจควบคุมหัวเมืองหรือท้องถิ่นห่างได้อย่างมีประสิทธิภาพเหมือนสมัยสมเด็จพระนเรศวรที่ทรงสั่งเทครัวหัวเมืองฝ่ายเหนือทั้งหมดได้ หัวเมืองเหล่านั้นก็ย่อมคิดถึงบ้านเมืองของตนเองมากกว่าจะปกป้องอยุทธยา และพร้อมที่จะแยกตัวออกไปเพื่อกลับไปรักษาบ้านเมืองของตนมากกว่าครับ เพราะไม่ได้มีความรู้สึกนึกคิดดังกรอบของปัจจุบันที่จะต้องปกป้องอยุทธยาในฐานะเมืองหลวงของ "ประเทศชาติ"