สอบถามการเดินทาง/นั่งรถไฟในญี่ปุ่น (Tokyo)

สวัสดีค่ะ มีเรื่องอยากจะสอบถามเกี่ยวกับการเดินทางในญี่ปุ่น
อ่านหลายๆกระทู้แล้วก็ยัง งงๆ กับรถไฟที่มีหลายประเภท  
แผนการท่องเที่ยวคือเที่ยวในโตเกียว และ ไปคาวากุจิโกะแบบไปกลับ
ที่หลักๆ ที่จะไปคือ
1. เที่ยวในเมืองโตเกียว Shinjuku Asakusa Tokyo Sky Tree (จะพักแถว Ueno ไม่ก็ Asakusa ค่ะ ตอนนี้ยังไม่ได้ที่พัก)
2. Tokyo Disneysea
3. ไป Mt.Fuji ทะเลสาบคาวากุจิโกะ และกลับเข้าโตเกียว (ถ้าเราจะไป Chureito Pagoda แล้วค่อยลงไปตรงทะเลสาบได้มั้ยคะ)
4. Shopping ไป Akihabara

รบกวนช่วยแนะนำ รถไฟ หรือบัส ที่เหมาะสมกับโปรแกรมเที่ยวของเราให้ทีค่ะ
เราจำเป็นหรือควรต้องซื้อพวก pass อะไรมั้ยคะ

เราเคยไปฮ่องกง สิงคโปร์ มาเลเซียมาแล้ว แต่ว่ามันไม่งงเท่านี้ค่ะ T^T