ลัทธิธรรมกายมีแนวคิดความเชื่อ การสอนที่สอดคล้องไปในแนวเดียวกับพุทธมหายานอย่างชัดเจน  นั่นก็คือไม่ใช่พุทธเถรวาทแต่เป็นอาจาริยวาท

ดังนั้นที่สุดแล้วเข้ากันไม่ได้กับเถรวาท  ต่างกันอย่างสิ้นเชิง  

แนวมหายานบอกว่านิพพานเป็นอัตตา   นิพพานเป็นที่สุดของจุดมุ่งหมาย   นิพพานเป็นเหมือนเมืองแก้ว

เป็นที่สถิตย์ของพระพุทธเจ้าและพระอรหันต์ทั้งหลายอยู่ในอายตนะนิพพานนั้นตลอดกาล  

ส่วนแนวเถรวาทสอนว่านิพพานเป็นอนัตตา  นิพพานเป็นที่สุดของจุดมุ่งหมายเหมือนกัน  แต่นิพพานไม่ใช่เมืองแก้ว  ไม่ใช่ที่อยู่  

ไม่มีการเข้าๆออกๆ  ไม่มีมิติ  ไม่มีนิมิต ไม่มีนามรูป ไม่มีพระพุทธเจ้าหรือพระอรหันต์อยู่ในนิพพานเพราะไม่ใช่เมือง  

นิพพานของพุทธเถรวาทคือ ความดับไม่มีเหลือแห่ง อวิชชา ตัณหา และอุปาทาน  

เป็นความว่างจากความยึดมั่นถือมั่นแห่งตัวตนเนื่องจากความเห็นผิดไป   เป็นนิพพานที่เกิดขึ้นจากปัญญาอันยิ่งหรือญานปัญญา