การออกเอกสารหลังมีการจด VAT

คือว่าเราเปิดร้านเปิดทำร้านทำแผ่นป้ายกัดกรด เปิดมา  3 ปีแล้ว แต่ทางบริษัทยังไม่เคยขอเรื่องใบกำกับภาษี
จนทางบริษัทได้มีการปรับเปลี่ยนและจะไม่ทำการซื้อขายกับบุคคลธรรมดาที่ไม่มี VAT
เราเลยต้องไปยื่นจด VAT เมื่อปลายเดือนธันวาคม แต่ก่อนที่จะจด VAT เราได้มีการให้เครดิตกับบริษัทเป็งเวลา 60 วัน
อยากจะสอบถามว่าก่อนที่จะจด VAT ได้มีการตกลงซื้อขายกันและโดยไม่มีภาษีแต่ทางบริษัทใช้หัก 3%
โดยเมื่อก่อนออกแบบ บิลเงินสดให้ แต่ตอนนี้จด VAT ไปแล้วอยากจะถามว่า
1. จะต้องออกเอกสารใบเสร็จรับเงิน/ใบกำกับภาษี ให้กับทางบริษัทใช่ไหมค่ะ
2. แล้วเราจะเอาภาษีมาจากไหนในเมื่อก่อนหน้านั้นไม่มี VAT
3. แล้วเราจะทำยังไงให้เอกสารมันถูกต้องค่ะ

ส่งสินค้าให้ต้องแต่เดือน พย 2558 แบบไม่มี VAT แต่ได้รับเงิน มค 2559 หลังจากจด VAT แล้ว