อันที่จริง คณะสงฆ์ส่วนใหญ่ ก็ต้องการให้มีการปฏิรูป การพระศาสนาและคณะสงฆ์ และเคยมีการร่าง พรบ.ยื่นไป หลายครั้ง และครั้งล่าสุดฉบับมหาคณิสสร ก็ยังตกค้างอยู่ในคณะกรรมการกฤษฎีกา เพราะต้องยอมรับกันว่า ระบบภายในคณะสงฆ์บางส่วนก็ยังมีปัญหาอยู่จริง เช่น ความโปร่งใสในการบริหารของวัดบางวัด (มิใช่ทั้งหมด) และการปกป้องพระพุทธศาสนา เช่น การลงโทษคนปลอมบวช นอกจากนี้ การพระศาสนายังคงต้องการการสนับสนุนและแนวทางที่ชัดเจนในหลายๆด้าน เช่น การเผยแผ่หลักธรรมสู่ประชาชน กรอบระเบียบการประพฤติตนของพระภิกษุสงฆ์ และข้อเรียกร้องที่ขัดต่อหลักพระธรรมวินัย เช่น การเรียกร้องเกี่ยวกับพระภิกษุณี การตัดสิกขาบทและแสดงความคิดเห็นอัตโนมติของวัดนาป่าพง และการแสดงความเห็นที่ผิดแปลกไปจากหลักธรรมของวัดพระธรรมกาย แต่การปฏิรูปนั้น ต้องการคนที่จริงใจ เข้าใจ และมีหัวใจรักพระพุทธศาสนาอย่างบริสุทธิ์ ควรจะคัดเลือกนักวิชาการทางด้านศาสนา เช่น เสถียรพงษ์ วรรณปก บรรจบ บรรณรุจิ คุณหมอประเวศ ศ.ศิวะลักษณ์ คุณหญิงสุดารัตน์ (ถ้าไม่ติดเรื่องสีเสื้อ) อธิการบดีมหาวิทยาลัยต่างๆ รวมทั้งมหาวิทยาลัยสงฆ์ด้วย ตัวแทนจากคณะสงฆ์สองฝ่าย และ ตัวแทนจากคณะรัฐบาล เป็นต้น เช่นนี้แล้ว การปฏิรูปการบริหารงานพระศาสนาย่อมจะได้ผลสูงสุด และได้รับการยอมรับ เพราะลึกๆแล้ว คณะสงฆ์ส่วนใหญ่ก็ต้องการการปฏิรูปการบริหารกิจการคณะสงฆ์ใหม่ ณ ปัจจุบัน ปัญหาที่เกิดขึ้น ก็คือ การปฏิรูปได้รับการผลักดันจากบุคคลที่มีอคติ ต่อวงการสงฆ์ เช่น พระพุทธอิสระ นายมโน เลาหวนิช(ลูกน้องเก่าธรรมกาย) นายไพบูลย์ นิติตะวัน เจิมศักดิ์ ปิ่นทอง บุคคลเหล่านี้ถ้าไปสำรวจความคิดเห็นจากวงการสงฆ์แล้ว จะรู้ว่า ทุกท่านมีทัศนะคติยังไงกับบุคคลเหล่านี้ และควรแยกแยะประเด็นวัดพระธรรมกาย ออกจากการปฏิรูปคณะสงฆ์ เช่น หากเห็นว่า เจ้าอาวาสวัดพระธรรมกาย มีความผิดต่อกฏหมายบ้านเมือง ก็ให้ทางฝ่ายราชอาณาจักร จัดการตามกฏหมายไป แต่ในส่วนของพระธรรมวินัย ก็ให้ศาสนาจักรจัดการไป แนวทางย่อมแตกต่างกัน แต่ ณ ปัจจุบันจะเห็นได้ว่า ทางฝ่ายราชอาณาจักรไม่มีปัญญาหรือตัวบทกฏหมายจัดการเจ้าอาวาสวัดพระธรรมกายได้ จึงโยนปัญหาให้กับคณะสงฆ์จัดการกันเอง แล้วก็เหมารวมใช้เป็นข้ออ้างในการปฏรูป หากรัก ศรัทธา หวังดี ต่อพระพุทธศาสนาจริง โปรดใช้ความจริงใจในการปฏิรูปย่อมจะเกิดประโยชน์สูงสุดต่อพระพุทธศาสนา
การปฏิรูป พรบ.คณะสงฆ์