เมื่อชาวมุสลิมเติร์กได้เข้ามาบุกดินแดนแห่งนี้เมื่อปี พ.ศ.1700  มหาวิทยาลัยนาลันทาถูกเข้าใจว่าเป็นป้อมปราการขนาดใหญ่ พระสงฆ์จึงถูกฆ่าตายด้วยคิดว่าเป็นนักรบที่ห่มเหลือง

     ในบันทึกกล่าวไว้ว่า แม่ทัพมุสลิมชื่อ บักตยาร์ ขิลจิ พร้อมทหาร 200 คนบุกเข้ามายังมหาวิทยาลัยนาลันทา..
.... "ป้อมปราการที่นี่ช่างน่าแปลก นักรบทุกคนล้วนแต่นุ่งห่มสีเหลือง โกนหัวโล้นไม่มีอาวุธในมือ นั่งกันอยู่เป็นแถวๆ เมื่อเราไปถึงก็ไม่ลุกหนี ไม่ต่อสู้ เมื่อเราเอาดาบฟันคอขาด คนแล้วคนเล่า ก็ยังนั่งกันอยู่เฉยๆ ไม่ร้องขอชีวิต ไม่โอดครวญ"

     สิ่งก่อสร้างถูกทำลาย เผาทิ้ง หอสมุดที่เก็บคำภีร์ทางศาสนาถูกเผาทั้งหมด กองทัพมุสลิมที่บุกมา หมายจะเผาทำลายไม่ให้เหลือพุทธศาสนาไว้ในแผ่นดิน

     ว่ากันว่า ที่นาลันทามีหอสมุดที่ใหญ่มาก ดังนั้นเมื่อถูกเผา จึงไหม้อยู่ 3 เดือนจึงเผาคำภีร์ต่างๆที่เก็บไว้ในนั้นจนหมด พระบางองค์ที่หนีรอดมาได้ก็เก็บเอาคำภีร์บางส่วนหนีออกมาด้วย แต่ก็เป็นส่วนน้อย

     นับจากนั้น เมื่อนาลันทาถูกเผาทำลายย่อยยับ ศาสนาพุทธก็ได้มลายหายไปจากผืนแผ่นดินอินเดีย ที่ซึ่งให้กำเนิดศาสนานี้แก่ชาวโลก และไม่เคยกลับมารุ่งเรืองได้อีก

หมายเหตุ
      ประมาณคริศต์ศตวรรษที่ 8 มุสลิมเชื้อสายเตอร์ก ( ตุรกี ) จากอัฟกานีสถานบุกเข้ามาทางแคว้นปัญจาบ ยึดครองแคว้นนี้ ตั้งเป็นอาณาจักร มีเมืองละฮอร์เป็นเมืองหลวงแต่ได้รับการต่อต้านอย่างหนักจากเชื้อสายราชวงศ์ราชบุตร ซึ่งครองอํานาจอยู่หลายแคว้นและได้ตั้งราชวงศ์สุลต่านปกครองเดลี 3 ราชวงศ์ คือ ราชวงศ์ทาส ราชวงศ์คัลจิ และราชวงศ์ตุกลัก หลังจากนั้นเป็นการบุกรุกของพวกมงโกล ทายาทพระเจ้าเจงกิสข่านชื่อ ติมูร์จอมโหด ( Timur ) ซึ่งบุกเข้าโจมตีได้เมืองเดลี และกวาดต้อนช่างฝีมือตลอดจนผู้คนไปเป็นเชลยสร้างเมืองใหม่ในซามาร์คาน